Dalsza misja ewangelizacyjna W XIII wieku nasiliła się akcja misyjna w Prusach zapoczątkowana bullą papieża Innocentego III z dnia 26 października 1206 roku, w której polskie duchowieństwo zostało wezwane do poparcia działań misyjnych opata łeknieńskiego Godfryda. Z bulli tej wynika, że początek misji cystersów datować należy na początek XIII wieku. Około 1210 roku na czele misji stanął mnich z Oliwy, Chrystian, a cała misja chrystianizacji Prusów nabrała rangi krucjaty. W 1215/1216 Chrystian został biskupem pruskim, zyskał od papieża prawo rzucania klątwy na krzyżowców, którzy wkroczyliby na ziemie nawróconych Prusów. Dzięki takiemu wsparciu w latach 20. XIII wieku liczne wyprawy podjęli Leszek Biały, Henryk Brodaty i Świętopełk pomorski. Z kolei plemiona pruskie dokonywały najazdów w latach 1213, 1216, 1220. W roku 1222 Prusowie dotarli do Płocka. W roku 1226 zniszczyli klasztor w Oliwie oraz zajęli na krótko ziemię chełmińską. W wyniku prowadzonych przez Prusów najazdów Polacy utracili m.in. grody Gutowo, Zwiniarz, Kołodzieje, Nowy Dwór Bratiański, Węgry koło Malborka, Podzamcze koło Kwidzyna, a cały rejon Pojezierza Iławskiego został trwale podbity. Skutki tych najazdów nie były porównywalne do zniszczeń po późniejszych najazdach Krzyżaków na ziemie pruskie, posłużyły jednak za pretekst do stosowania drastycznych metod.

Ekspansja zakonu krzyżackiego