W tym czasie była autorem szeregu prac o tematyce epidemiologicznej dotyczących środowiska akademickiego.
thumb|Grób Joanny Flatau na Cmentarzu ewangelicko-augsburskim w Warszawie Prowadziła półsanatorium nerwic przy ul. Górnośląskiej w Warszawie. Początki sanatorium opisywała tak: W maju 1963 roku pojechałam do Clinique Dupre w Sceaux pod Paryżem. Po miesiącu wróciłam ogarnięta obsesyjną wprost myślą otrzymania łóżek dla studentów chorych psychicznie. Późną wiosną 1969 roku pierwszych 6 pacjentów wśliznęło się niemal na Górnośląską. Później było ich 12, 22, aż wreszcie doszło do magicznej liczby 44 łóżek. Wprawdzie było to półsanatorium dla nerwic, ale praktycznie przebywali w nim chorzy psychicznie.
We współpracy ze Zrzeszeniem Studentów Polskich przez wiele lat organizowała obozy rehabilitacyjne dla studentów z zaburzeniami nerwicowymi, gdzie propagowała nowatorskie metody leczenia. Pierwszy obóz odbył się w Dusznikach Zdroju w schronisku „Pod Muflonem” w 1970 roku. Podstawą leczenia była psychoterapia grupowa, zajęcia prowadził m.in. Andrzej Samson. Wprowadziła terapię nerwic za pomocą ćwiczeń jogi, których instruktorem był Tadeusz Pasek.