W listopadzie 1410 roku zamek oblegli Krzyżacy pod dowództwem Heinricha (starszego) von Plauen i komtura Eberharta von Wallenfels, ale Polacy obronili zamek do czasu zawarcia w lutym 1411 roku I Pokoju toruńskiego. W 1420 roku zamek spłonął. W 1446 roku założono nowe dachy. W 1452 roku na zamku wielki mistrz Ludwig von Erlichshausen spotkał się z królem Kazimierzem IV Jagiellończykiem.
W dniu 6 lutego 1454 r., dwa dni po podjęciu przez Tajną Radę Związku Pruskiego decyzji o wypowiedzeniu posłuszeństwa zakonowi krzyżackiemu, delegacja Rady Miasta Torunia zażądała od załogi krzyżackiej przekazania jej zamku. Dowodzący Krzyżakami komtur Albrecht Kalb odmówił, co doprowadziło do rozpoczęcia ataku przez mieszczan na zamek w dniu 7 lutego. Był to sygnał do rozpoczęcia powstania kierowanego przez Związek Pruski, który walczył przeciwko zakonowi krzyżackiemu. W wyniku ostrzału, następnego dnia (8 lutego) Krzyżacy skapitulowali. Po zajęciu zamku, mieszkańcy Torunia wysadzili wieżę główną i rozpoczęto rozbiórkę części murów warowni, na co Rada Starego Miasta przeznaczyła znaczną kwotę 85 grzywien. Po 1485 mieszczanie toruńscy zbudowali na części zamkowych murów Dwór Mieszczański (Dwór Bractwa Św. Jerzego). Dziedziniec zamkowy przekształcono na wysypisko śmieci.