Ten odmówił jednak i wyjaśnił, że gdy to uczyni "ktoś inny będzie musiał wziąć winę na siebie", s.3, Nat Helms: [w:] World War II Magazine, z lutego 1996.
Proces 29 października 1945 roku Yamashita stanął przed amerykańskim sądem wojskowym w Manili z oskarżenia o zbrodnie wojenne w nawiązaniu do licznych przestępstw w stosunku do jeńców i ludności cywilnej w Singapurze i na Filipinach. Głównym zarzutem, stawianym Yamashicie, był brak jego reakcji – jako naczelnego dowódcy – na liczne zbrodnie popełniane podczas kampanii na Filipinach. Obrona przyznawała, że zbrodnie zostały popełnione, ale odpierała zarzut twierdząc, że – w związku z brakiem łączności między dowództwem a poszczególnymi oddziałami – Yamashita nie mógł panować nad swoimi podwładnymi, gdyby nawet o tych zbrodniach wiedział, co wcale nie jest pewne. Co więcej, wiele z tych zbrodni popełnionych zostało przez personel japońskiej marynarki wojennej, która mu nie podlegała. Mimo licznych protestów i argumentów głównego obrońcy, amerykańskiego prawnika Harry'ego E. Clarke'a, 7 grudnia sąd uznał Yamashitę winnym zarzucanych mu czynów i skazał go na śmierć. Clarke apelował do generała MacArthura, który apelację odrzucił. Podobnie uczyniły sądy najwyższe Filipin i USA.