W wyniku kolejnego rozłamu powstał Niepodległy Narodowo-Patriotyczny Front Liberii (Independent National Patriotic Front of Liberia), któremu przewodził Prince Y. Johnson. Samuel Doe usiłował ustabilizować sytuację: ogłosił, że nie ma zamiaru ponownie startować w wyborach prezydenckich, za to jest gotowy do rozpisania przedterminowych wyborów, lecz Taylor zażądał natychmiastowej rezygnacji Doe z urzędu prezydenckiego. Konflikt nie został zakończony nawet na skutek rozmów pokojowych przeprowadzonych pod auspicjami rządu Stanów Zjednoczonych, Liberyjskiej Rady Kościołów, a później i międzynarodowej komisji pokojowej. Przeciwnie – pięć krajów zachodnioafrykańskich wysłało do Liberii swoje oddziały wojskowe.
9 września 1990 Doe został schwytany w zasadzkę urządzoną przez rebeliantów Johnsona przed kwaterą główną sił pokojowych. Doszło wcześniej do wymiany ognia, w której Doe został tak ranny w nogę, że nie mógł uciekać. Przewieziono go do więzienia, gdzie został pobity przez rebeliantów. Johnson przystąpił osobiście do przesłuchania dyktatora, wypytując go o numery konta w szwajcarskich bankach.