Organizacja Organizacyjnie Sajjeret Matkal podlega wywiadowi wojskowemu Aman. Struktura organizacyjna Sajjeret Matkal jest wyjątkowa i inna od wszystkich innych jednostek izraelskich sił specjalnych. Wynika to z faktu, że Sajjeret Matkal nie ma z góry określonych zadań w czasie wojny. Jednostka wykonuje wszelkie zadania operacyjne przydzielane bezpośrednio przez Sztab Generalny Sił Obronnych Izraela. Z tego powodu jest ona organizacyjnie przygotowana do przeprowadzenia rozmaitych zadań. Sajjeret Matkal posiada pododdziały: wsparcia technicznego i informacyjnego, służby medycznej, zespół ekspertów od infiltracji, zespoły snajperskie, saperzy i inne. Może więc działać w dużym stopniu niezależnie od innych jednostek wojskowych izraelskiej armii. Jednostka liczy około 300 komandosów.
Uzbrojenie Uzbrojenie Sajjeret Matkal jest wysoce specjalistyczne i zamówienia na rzecz tej JW są realizowane odrębnie od ogólnych zamówień izraelskiego wojska. Jako komandosi Aman, żołnierze jednostki mogą korzystać praktycznie z wszystkich rodzajów broni oferowanych na międzynarodowym rynku. Chociaż izraelski sprzęt wojskowy jest bardzo dobrej jakości, to jednak do niektórych działań operacyjnych jest wybierane alternatywne uzbrojenie zagraniczne.