W jej trakcie weryfikuje się jakość prowadzonego kształcenia oraz stopień spełnienia wymagań określonych w ustawie Prawo o szkolnictwie wyższym i przepisach wykonawczych, a także kompleksowość, funkcjonowanie i skuteczność wewnętrznego systemu zapewniania jakości kształcenia i mechanizmy jego doskonalenia.
Ocena instytucjonalna obejmuje ocenę działalności podstawowych jednostek organizacyjnych uczelni oraz ocenę jakości kształcenia na studiach doktoranckich i podyplomowych (jeśli takie są prowadzone), w tym związek strategii rozwoju jednostki ze strategią rozwoju uczelni, funkcjonowanie wewnętrznego systemu zapewniania jakości kształcenia, współpracę z otoczeniem społeczno-gospodarczym i stopień umiędzynarodowienia.
Szczegółowe kryteria dokonywania ocen określone zostały w Statucie Polskiej Komisji Akredytacyjnej dostępnym na jej stronie internetowej.