W maju 1944 roku komandosi zostają oddelegowani do Francji, gdzie również dokonują akcji sabotażowych, na przykład zniszczenia pancernika w Hawrze, detonacji dział przybrzeżnych na plaży Juno oraz zabójstwa niemieckiego generała. Ostatnia kampania wojenna komandosów ma miejsce na terenach Belgii, Holandii i Niemiec. Żołnierze Commando między innymi uwalniają wówczas przywódcę francuskiego ruchu oporu, a ich działania wojenne kończy detonacja rakiet V2 w lutym 1945 roku.
Rozgrywka Misje w grze Commandos: Za linią wroga rozgrywane są na mapie taktycznej. Gracz kieruje niewielką, liczącą do sześciu osób liczbą ludzi o specjalnych umiejętnościach (pełną kontrolę nad wszystkimi żołnierzami można przejąć dopiero w ostatniej misji). Utrata któregokolwiek z nich uniemożliwia wykonanie kolejnych misji, a do sukcesu wymagana jest ścisła współpraca komandosów.