zostały jednak pokonane. W połowie XVI wieku wpływy Braminów spadły, gdy muzułmańscy misjonarze wyemigrowali do Kaszmiru z Azji Środkowej i Persji, a perski zastąpił sanskryt jako język szlachty.
Generał Mogołów , członek rodziny rządzącej w Kaszgarze, zaatakował Kaszmir w ok. 1540 n.e. w imieniu cesarza Humajuna. Prześladowania szyitów, szafichów i sufich doprowadziły do powstania, które obaliło panowanie Dughlata w Kaszmirze.
Mogołowie (1580–1750) Kaszmir nie został bezpośrednio podbity przez Mogołów do czasu panowania Akbara Wielkiego, który odwiedził dolinę w 1589 roku. Akbar podbił Kaszmir przez oszustwo – porywając króla podczas negocjacji. Później przyłączył Kaszmir do swojej afgańskiej prowincji Kabul Subah, ale Szahdżahan wyodrębnił go jako odrębną subah (imperialną prowincję najwyższego poziomu) z siedzibą w Śrinagarze. W czasach kolejnych cesarzy Mogołów powstało wiele słynnych ogrodów, meczetów i pałaców. Nietolerancja religijna i dyskryminujące opodatkowanie pojawiło się ponownie, gdy cesarz Aurangzeb wstąpił na tron w 1658 roku. Po jego śmierci wpływ imperium Mogołów spadł.