Na początku XXI wieku Nigeryjczycy nadal utrzymują się w afrykańskiej czołówce. W ostatnich siedmiu zawodach o tytuł najlepszej drużyny Afryki swój udział kończyli zazwyczaj na drugim lub trzecim miejscu (z wyjątkiem lat 2008 – ćwierćfinał i 2013 kiedy to zdobyli mistrzostwo kontynentu). Znacznie słabiej zespół prezentuje się na światowym czempionacie. W 2002 roku Nigeria zajęła ostatnie miejsce w grupie, w cztery lata później w ogóle nie awansowała do mistrzostw świata, dając się niespodziewanie wyprzedzić Angoli. Mundial 2010 w RPA Nigeryjczycy również (tak jak osiem lat wcześniej) zakończyli na fazie grupowej. Cztery lata później w Brazylii wyszli z grupy i dotarli do 1/8 finału. W tej fazie jednak ulegli 0:2 Francji. Na mundialu 2018 w Rosji grali w grupie D razem z Argentyną, Chorwacją oraz Islandią. Po porażce 0:2 w meczu z Chorwatami przyszło zwycięstwo 2:0 z Islandią oraz porażka 1:2 z Argentyną, skutkująca ostatecznie odpadnięciem Nigeryjczyków z mistrzostw.