Późnym popołudniem w Pałacu Prezydenckim odbyło się oficjalne spotkanie z prezydentem RP Lechem Kaczyńskim, jego rodziną oraz przedstawicielami władz, zakończone wspólną modlitwą w pałacowej kaplicy. Kolejnym punktem programu była modlitwa ekumeniczna w Parafii św. Trójcy Kościoła Ewangelicko-Augsburskiego w RP. Pierwszy dzień wizyty zakończyło nieplanowane wcześniej błogosławieństwo, którego papież udzielił z balkonu nuncjatury apostolskiej wiwatującym mieszkańcom Warszawy.
Piątek, 26 maja 2006 thumb|300px|Benedykt XVI pozdrawia pielgrzymów zgromadzonych na jasnogórskich błoniach Drugi dzień wizyty rozpoczął się od uroczystej mszy świętej na placu Marszałka Józefa Piłsudskiego w Warszawie, w której udział wzięło około 300 000 wiernych. Przed rozpoczęciem liturgii papież przejechał między sektorami, witany przez pielgrzymów z Polski oraz licznych gości zagranicznych, m.in. z Białorusi, Hiszpanii, Ukrainy i Rosji. Wraz z Benedyktem XVI liturgię koncelebrowało 120 kardynałów i biskupów. W wygłoszonej homilii papież nawiązał do historycznych słów Jana Pawła II o odnowieniu oblicza ziemi, a podczas samej mszy dokonał koronacji obrazu Matki Bożej Trybunalskiej.