Babangida zadebiutował na Pucharze Narodów Afryki w 2000 roku, ponieważ reprezentacja Nigerii wycofała się z turnieju w 1996 roku w Republice Południowej Afryki z powodów politycznych i opuściła Puchar Narodów Afryki 1998 w Burkina Faso przez dyskwalifikację. Babangida strzelił dwa gole przeciwko Afryce Południowej, co pomogło Nigerii dostać się do finału, gdzie zostali minimalnie pokonani w rzutach karnych. Wystąpił w pięciu meczach swojej drużyny, zaczynając w wyjściowej jedenastce dwa z nich. Następnie uczestniczył w eliminacjach do Mistrzostw Świata w Piłce Nożnej 2002, strzelając dwie bramki w pierwszej połowie ostatniego meczu przeciwko reprezentacji Ghany. To zwycięstwo zapewniło Nigerii udział w mistrzostwach świata. Babangida zagrał we wszystkich meczach swojej drużyny w Pucharze Narodów Afryki 2002, ale przegrał rywalizację o miejsce w składzie na mistrzostwach świata, z bardziej doświadczonymi zawodnikami Sundayem Olisehem i Finidim George’em.