Okoliczności aresztowania nie zostały wyjaśnione. W roku 1952 odbył się proces przeciwko Franciszkowi Ponickiemu o wydanie Spychalskiego w ręce Niemców. Ponicki, wskazany jako konfident przez gestapowca Kurta Heinemeyera, fikcyjnie zatrudniał Spychalskiego w sklepie z farbami przy ul. Długiej 22, który służył za lokal konspiracyjny i utrzymywał, że jego kontakty z gestapo były znane Spychalskiemu. W 1993 roku były kierownik referatu gestapo zwalczającego polskie podziemie na Generalne Gubernatorstwo, Heinrich Hamann, również oświadczył, że informacji o spotkaniu dostarczył konfident, ale donos nie został od razu potraktowany poważnie.
Przetrzymywany w więzieniu przy ul. Montelupich i przesłuchiwany w siedzibie gestapo przy ul. Pomorskiej 2, nie był fizycznie torturowany i mógł widywać się z żoną. Zgodnie z jej powojennymi zeznaniami Niemcy domagali się od niego sformowania legionu antybolszewickiego i objęcia nad nim dowództwa. Według niepotwierdzonych informacji rozmawiał z nim podczas wizyty w Krakowie w maju 1944 roku szef SS Heinrich Himmler. Spychalskiemu polecono przekazać przez jednego z aresztowanych sztabowców list niekontrolowanej treści do gen. Tadeusza Komorowskiego, Komendanta Głównego AK w Warszawie.