W otoczeniu miasta zachowały się też istotne obszary suchych lasów i namorzynów strefy przybrzeżnej. Do ważniejszych z nich należą obszar chroniony , obejmujący fragment suchego lasu tropikalnego, oraz Puerto Hondo, gdzie na obrzeżach aglomeracji zachował się fragment namorzynów. Na Cerro Colorado działa też , ośrodek badań nad florą suchych lasów tropikalnych.
Klimat Guayaquil jest gorący przez cały rok, ale rozkład opadów jest silnie sezonowy. Normy klimatyczne Światowej Organizacji Meteorologicznej dla stacji Guayaquil Aer. z okresu 1961–1990 wskazują średnią roczną temperaturę 25,8 °C i roczną sumę opadów 1025,8 mm. Najwyższe opady przypadają na okres od stycznia do kwietnia, natomiast od lipca do listopada są one znikome.
Uwarunkowania geologiczne zwiększają podatność miasta na szkody podczas trzęsień ziemi. Guayaquil leży w estuarium dolnego biegu rzeki Guayas, a znaczna część miasta została zbudowana na miękkich osadach, co w badaniach poświęconych lokalnej strefie sejsmicznej wskazywano jako ważny czynnik ryzyka. Zatoka Guayaquil leży w północnoandyjskiej strefie subdukcji, w której powtarzają się trzęsienia o magnitudzie powyżej 7,0 wywołujące tsunami, sama jednak uchodzi pod tym względem za obszar stosunkowo osłonięty.