Zagrał trzeci raz z rzędu w meczu gwiazd, a także w konkursie rzutów za 3 punkty.
Seattle SuperSonics (2003–2007) thumb|right|Allen wykonujący rzut wolny. W połowie sezonu Allen został wymieniony do Seattle Supersonics razem z Ronaldem Murrayem i Kevinem Ollie w zamian za Gary’ego Paytona i Desmonda Masona. W nowej drużynie pobił rekord życiowy pod względem zdobywanych punktów. Rzucał w nowych barwach średnio 24.5 punktu na mecz i dokładał 5.6 zbiórki i 5.9 asysty. Sonics nie awansowali do play-off, a dla Allena pomimo tak dobrych wyników zabrakło miejsca w składzie meczu gwiazd.
Rozgrywki stały pod znakiem kontuzji dla Allena. Zagrał zaledwie w 56 meczach, co przyczyniło się do słabego sezonu Seattle Supersonics, którzy nie awansowali do play-off. Allen zagrał w meczu gwiazd, zdobywał średnio 23.0 punkty, 5.1 zbiórki i 4.8 asysty na mecz.