Reżyserem filmu był Andrzej Wajda, dla którego realizacja Pana Tadeusza była daleko idącym wyzwaniem: „Pan Tadeusz powstał z chęci pokazania, skąd się wzięliśmy, kim jesteśmy, jak się nazywamy, co nam się podoba, jakie rodzą się wśród nas ludzkie charaktery […] To przedsięwzięcie jest nieporównywalnie trudniejsze od wszystkiego, co dotychczas zrobiłem”.
Okres zdjęciowy do Pana Tadeusza trwał od 3 lipca do 2 września 1998 roku. Zdjęcia do filmu realizowano m.in. w Sierpcu, Łomiankach pod Warszawą, Smolnikach, Turowej Woli, Józefowie koło Otwocka, Kazuniu, Warszawie (Zamek Królewski, Cytadela), Piotrkowie Trybunalskim, Oporowie i Twierdzy Modlin. Operatorem zdjęć był Paweł Edelman, natomiast scenografem – Allan Starski.
Ścieżka dźwiękowa Muzykę do Pana Tadeusza skomponował Wojciech Kilar, jeszcze przed zdjęciami do filmu. Andrzej Wajda wspomina, że w pewnym sensie film był kręcony do gotowej już muzyki, szczególnie do poloneza, który był swoistą wskazówką, jak ma ten film wyglądać. Zwłaszcza polonez Kilara, napisany przezeń w ciągu tygodnia, przyniósł filmowi późniejszą sławę. Filmowy polonez na studniówkach i balach ósmoklasisty zastąpił najpopularniejszego wcześniej w tej roli poloneza Ogińskiego „Pożegnanie Ojczyzny”.