Owoce trudno nasiąkające długo utrzymują się na powierzchni wody, która je roznosi i rozsiewa (hydrochoria). W rozsiewaniu owoców udział mają też zwierzęta (zoochoria). Kiełkowanie następuje wiosną i jest epigeiczne. W przypadku rozwoju pędów nadziemnych z kłączy pojawiają się one na powierzchni gruntu ok. marca i kwietnia (w zależności od szerokości geograficznej i warunków siedliskowych), a na powierzchni wody od kwietnia do maja. Intensywny wzrost trwa do lipca i sierpnia na lądzie oraz sierpnia i września w wodzie.
Nowa kolonia powstać może także dzięki niewielkim fragmentom kłączy (odcinki o długości 2 cm z węzłem), rozprzestrzenianym za pomocą ruchu wody, działalności człowieka lub zwierząt.
Genetyka Chromosomy rdestu ziemnowodnego są małe i trudne do policzenia. Różne źródła podają różne ich liczby: 2n=64, 60, 66, 88, 96, 100 ± 2, 132. Większe wartości wskazują na to, że gatunek może mieć pochodzenie alloploidalne – mógł powstać jako potomek tetraploidalnego przodka. Ilość DNA jądrowego (2C) wynosi 2,0 pg.