Uznawszy, że nie nadaje się ani do zawodu oficerskiego, ani duszpasterskiego, powrócił na Korsykę w wieku lat 15.
Rewolucjonista W 1789 wybuchła rewolucja francuska; wkrótce przywódca powstań korsykańskich Pasquale Paoli został odwołany z wygnania w Anglii i wysłany jako zarządca wyspy w imieniu Konstytuanty na Korsykę, gdzie wylądował 14 lipca 1790. Rodzice Lucjana należeli w młodości do gorących zwolenników Paolego, który udzielił teraz 16-letniemu młodzieńcowi poparcia i mianował go jesienią tegoż roku swym osobistym sekretarzem. Paoli nadal dążył do oderwania wyspy od Francji, bracia Bonaparte początkowo popierali jego plany. Napoleon przyjął nawet stanowisko komendanta korsykańskiej Gwardii Narodowej, rezygnując ze służby w swym pułku artyleryjskim w Valence. Wkrótce jednak uznał, że sny o całkowitej niezależności wyspy są mrzonkami i powrócił do Francji. W październiku 1792 pojechał ponownie na Korsykę, gdzie partia Paolego postanowiła ostatecznie zerwać z rewolucyjną Francją i oprzeć się na Anglii. W międzyczasie Konwent Narodowy wydał rozkaz aresztowania Paolego i jego zastępcy Pozzo di Borgo jako separatystów i zdrajców ojczyzny.