Zgodnie z konwencją monitoring przyrodniczy powinien objąć wszystkie poziomy bioróżnorodności: od ekosystemów, poprzez poziom gatunkowy do różnorodności genetycznejKonwencja o różnorodności biologicznej, sporządzona w Rio de Janeiro dnia 5 czerwca 1992 r. ()..
Z ramienia ONZ jednostką zajmującą się monitorowaniem stanu środowiska przyrodniczego w skali świata jest Centrum Monitoringu Ochrony Środowiska (World Conservation Monitoring Centre). Instytucja ta gromadzi, analizuje i publikuje informacje o wskaźnikach i zmianach stanu różnorodności biologicznej, zarówno na poziomie globalnym, jak i regionalnym.
W Unii Europejskiej monitoring przyrodniczy prowadzony jest w szerokim zakresie w związku z wdrażaniem sieci Natura 2000. Kraje członkowskie zobowiązane są do prowadzenia monitoringu (dosłownie "nadzoru") stanu zachowania siedlisk przyrodniczych i gatunków wymienionych w załącznikach do dyrektywy siedliskowej oraz do składania sprawozdań z wyników tego monitoringu co 6 lat.