Po tym sukcesie szybko pojawiły się problemy. Mimo wcześniej zawartej umowy władze Szczecina z prezydentem Edmundem Runowiczem nie wydzierżawiły Bekdaşowi 18 hektarów wokół stadionu Pogoni, na których turecki biznesmen chciał przeprowadzić własne inwestycje. W tej sytuacji Sabri Bekdaş w listopadzie 2001 roku wstrzymał finansowanie klubu i wkrótce wycofał się, zostawiając Pogoń z ogromnymi długami. Osłabiona kadrowo Pogoń przegrała w I rundzie pucharu UEFA z amatorami z Islandii, Fylkirem Reykjavík (1:1 u siebie i 1:2 w meczu wyjazdowym), jesienią awansowała jeszcze w I lidze do grupy mistrzowskiej (ligę rozgrywano w tym sezonie z podziałem na grupy), ale zajęła w niej ostatnie miejsce. 4 lipca 2002 r. właścicielem spółki został szwedzki biznesmen polskiego pochodzenia – Les Gondor (vel Leszek Gondorowicz, przed laty taksówkarz z Lipian). Jego rządy i kolejne przepychanki z miastem doprowadziły klub do upadku. W sezonie 2002/2003 zrujnowana kadrowo Pogoń wygrała tylko dwa mecze, w 30 spotkaniach zdobyła zaledwie 9 punktów i spadła z I ligi.