W czasie II wojny światowej, jako nastoletni chłopak, pracował przymusowo w lubońskich Zakładach Ziemniaczanych. Po wojnie, w wieku 22 lat, rozpoczął w Poznaniu przyspieszoną edukację. Po zdaniu matury chciał rozpocząć studia polonistyczne prowadzone przez Uniwersytet im. Adama Mickiewicza; w poczet studentów przyjęła go jednak Akademia Sztuk Pięknych w Krakowie, na której egzaminy odbywały się we wcześniejszym terminie. Już w czasie studiów na wydziale malarstwa i grafiki projektował plakaty dla teatru i filmu oraz publikował rysunki satyryczne w „Szpilkach”, Nowej Kulturze i Życiu Literackim. Realizował także amatorskie filmy animowane. Dyplom uzyskał w 1951 roku.

Dwa lata później opublikował z Janem Tarasinem album Rysunki satyryczne. W 1956 roku otrzymał Polską Nagrodę Narodową za cykl litografii Nowa Huta. Przełomem okazało się spotkanie w redakcji Szpilek z Janem Lenicą, który był szefem graficznym tego czasopisma. Borowczyk pokazał mu swoje amatorskie filmy animowane i zaraził Lenicę pasją do tego gatunku sztuki;