W maju 1945 została wysiedlona ze Lwowa. Wyjechała do Łodzi i w tym roku została profesorem powstałego Uniwersytetu Łódzkiego (przyjął ją prof. Teodor Vieweger, który zginął w wypadku samochodowym kilka dni później), gdzie kierowała Katedrą Teorii Literatury, która została zlikwidowana w 1951. Wskutek interwencji prof. Jana Szczepańskiego, Stefania Skwarczyńska pozostała na uczelni, wykładała literaturę powszechną aż do ponownego powołania Katedry Teorii Literatury w 1958. Wykładała także w Łodzi na Kursie Przysposobienia Filmowego (1945–1946), Państwowej Wyższej Szkole Pedagogicznej (od 1946), Państwowej Wyższej Szkole Teatralnej (od 1947, w tym w roku akademickim 1947/1948 była dziekanem Wydziału Dramatycznego) i Państwowej Wyższej Szkole Filmowej (od 1947), zaś w latach 1958–1962 w połączonej Państwowej Wyższej Szkole Teatralnej i Filmowej im. Leona Schillera. W 1958 została profesorem zwyczajnym. W 1981 otrzymała tytuł doctora honoris causa Uniwersytetu Łódzkiego.
W ramach inwigilacji środowisk byłych lwowskich profesorów, po 1945 zatrudnionych na uczelniach PRL, w latach 1959–1960 Stefania Skwarczyńska wraz z Łucją Woszczyk była rozpracowywana przez UB za „utrzymywanie kontaktów z emigracyjnym PSL” oraz „z biskupem Klepaczem”.