Historia badań Pierwszy gatunek wachlarzoskrzydłych, Xenos vesparum, został opisany przez Pietro Rossiego w 1793. Odtąd datują się nierozwiązane do dziś kontrowersje dotyczące systematyki Strepsiptera, określane nawet jako „problem Strepsiptera” w literaturze naukowej. Rząd Strepsiptera utworzył William Kirby; nazwa pochodzi od greckiego strepsi oznaczającego „zakręcony” i pteron oznaczającego skrzydło. John Obadiah Westwood jako pierwszy użył określenia „stylopizowany” („stylopized”) odnośnie do owadów spasożytowanych przez Stylops. Westwood był też pierwszym, który zaobserwował larwy pierwszego stadium wachlarzoskrzydłych.
Filogeneza Badania molekularne i analizy morfologiczne wykazują bliskie pokrewieństwo wachlarzoskrzydłych z Neuropterida i Coleoptera. Możliwe, że są grupą siostrzaną dla Coleoptera.
Zapis kopalny Wachlarzoskrzydłe znane są z inkluzji w birmańskim (100 MYO), kanadyjskim (75 MYO), bałtyckim (42-45 MYO) i dominikańskim (25 MYO) bursztynie, a także z węgla brunatnego datowanego na eocen. Opisano również larwy pierwszego stadium z eoceńskiego węgla brunatnego i kanadyjskiego bursztynu.