Za czasów Konrada Mazowieckiego (ok. 1241 r.) podczas włączania rotundy do linii obwarowań zamurowano przejście do aneksu zachodniego. Budowla straciła funkcję sakralną i uległa wielu uszkodzeniom. Kazimierz Wielki odnowił ją i przywrócił pierwotną funkcję, nadając wezwanie św. św. Feliksa i Adaukta. Rotunda została włączona w część zabudowań zamkowych (skrzydła południowo-zachodniego). W tym samym czasie powstał prawdopodobnie kolejny, wieloboczny aneks przy apsydzie południowo-zachodniej. W latach 1516–1517, gdy budowano Kuchnie Królewskie, tetrakonchos znów zdesakralizowano. Sklepieniem podzielono go na dwie części i wykorzystano do celów użytkowych.
Z początkiem XIX wieku, w roku 1806, przebudowując całe skrzydło na szpital wojskowy, mury rozebrano do obecnie zachowanego poziomu.
Stan badań