Pomiędzy rokiem 1021 a 1023 część Bengalu została podbita przez Radźendrę I z dynastii Ćola. Islam pojawił się po raz pierwszy w Bengalu w XII w., wraz z przybyciem sufickich misjonarzy. Proces nawracania na wiarę w Allaha był wzmacniany przez islamskich wojowników , którzy wspierali budowę nowych meczetów, medres i chanaka. Pomiędzy rokiem 1202 a 1206 , dowódca wojskowy Sułtanatu Delhijskiego najechał Bihar oraz Bengal aż po Rongpur, Bogrę i rzekę Brahmaputra. Mimo iż nie udało mu się trwale przejąć kontroli nad Bengalem pokonał , którego synowie przejęli władzę nad znacznie okrojonym terytorium, a ich państwo, ze stolicą w pobliżu dzisiejszego Munszigondźo przetrwało do końca XIII w.
Okres średniowiecza i wczesnej nowożytności Kolejne podboje muzułmańskich władców przyczyniły się do rozprzestrzeniania się Islamu w regionie. Przez kolejne kilka setek lat Bengal był pod rządami kolejnych dynastii lub feudalnych panów z Sułtanatu Delhijskiego. W pierwszej połowie XV w. na 20 lat, w wyniku hinduskiego powstania, władzę w Bengalu przejął . W XVI w. generał podbił Bengal i włączył go do państwa Wielkich Mogołów. Administracja imperium zezwalała na semi-niepodległość Bengalu pod rządami nababów z Murshidabadu, którzy akceptowali władzę Mogołów w Delhi.