Jest krytyczną refleksją nad ewolucją chrześcijaństwa.
Publikacje autorskie Tomasza z Akwinu teoria miłości. Studium nad Komentarzem do księgi „O imionach Bożych” Pseudo-Dionizego Areopagity, Kraków 2004. . Pięć słów Kościoła (współautor), red. H. Stompor, Warszawa 2005. . Metafizyczny pejzaż. Świat według Tomasza z Akwinu, Kraków 2006. . Ścieżki wolności. O teologii, sekularyzacji, demokracji w Kościele, celibacie i... (wspólnie z Krzysztofem Bielawskim), Kraków 2007. . Wolność, równość, katolicyzm, Warszawa 2007. . Jan Paweł II. Analiza krytyczna, Warszawa 2008. . Nowe światło. Kościół a teologia dwudziestego wieku, oprac. T. Bartoś, Kraków 2008. . W poszukiwaniu mistrzów życia. Rozmowy o duchowości (wspólnie z W. Eichelbergerem, W. Szczawińskim), Warszawa 2009. . Koniec prawdy absolutnej. Tomasz z Akwinu w epoce późnej nowoczesności, Warszawa 2010. . Kłopot z chrześcijaństwem. Wieczne gnicie, apokaliptyczny ogień, praca (wspólnie z Agatą Bielik-Robson), Warszawa 2013. . Mnich. Historia życia, którego nie było, Wydawnictwo: Marginesy, Warszawa 2019 . Klątwa Parmenidesa, PWN, Warszawa 2020. Upadek, niemożliwy. Eseje filozoficzne, Pasaże, Kraków 2021. Bóg odszedł z poczuciem winy.