Był także starostą: bieckim, bocheńskim, nowotarskim, dolińskim.
Wraz z królem polskim Janem III Sobieskim oraz marszałkiem wielkim koronnym Stanisławem Herakliuszem Lubomirskim należał do pierwszego na świecie towarzystwa geograficznego Akademii Argonautów.
Jan Wielopolski, właściciel Kobylanki, posłował do Rzymu w latach 1680 – 1681 i był przyjęty na audiencji przez papieża Innocentego XI, który darował mu obraz Jezusa Ukrzyżowanego – kopię watykańskiego obrazu poświęconego przez papieża Urbana VIII. Wielopolski przywiózł obraz do kraju i jako „najszacowniejszy prezent” umieścił w pałacowej kaplicy w swych dobrach w Kobylance. W 1678 kupił dobra żywieckie wchodząc w posiadanie Żywca. Początkowo był podporą króla w starciach z magnaterią. W roku 1684 posłował w jego imieniu do Francji w celu odnowienia zerwanych stosunków dyplomatycznych, gdzie przyjął go Ludwik XIV. Po powrocie do Polski przeszedł do obozu antykrólewskiego kierowanego przez Stanisława Lubomirskiego.
Gdy zmarł w 1688 roku przeprowadzono, mimo oporu żony, rewizję w warszawskiej jurydyce Wielopolskich, zarządzoną w celu znalezienia kompromitujących go dokumentówStefan Ciara: Senatorowie i dygnitarze koronni w drugiej połowie XVII wieku. PAN, 1990.. Zwłoki jego spoczęły w podziemiach kościoła św.