Wyjątkiem są bardzo rzadkie przypadki mutacji przywracających pierwotną, prawidłową strukturę DNA (mutacje wsteczne, rewersja mutacji).
Typy uszkodzeń Wyróżnia się cztery główne typy uszkodzeń DNA spowodowane endogennymi procesami metabolicznymi w komórce: utlenianie zasad azotowych (np. oksydacja guaniny do 8-oksoguaniny) i przerwania nici DNA spowodowane działaniem reaktywnych form tlenu; alkilowanie zasad azotowych (zazwyczaj metylacja), np. utworzenie 7-metyloguaniny; hydroliza zasad, np. deaminacja, depurynacja, depirymidynacja; wstawienie niekomplementarnej zasady (ang. mismatch) w czasie replikacji DNA.
Uszkodzenie spowodowane egzogennymi czynnikami może mieć różny charakter. Przykładami są: promieniowanie ultrafioletowe powoduje tworzenie wiązań między sąsiadującymi zasadami cytozyną i tyminą, prowadząc do utworzenia dimerów pirymidynowych; promieniowanie jonizujące utworzone podczas rozpadów radioaktywnych albo promieniowanie kosmiczne powoduje przerwania nici DNA; podwyższona temperatura powoduje zwiększenie częstości depurynacji i przerwań pojedynczych nici DNA.