Z powodu kłopotów ze sterem z okrętu zdjęto całe uzbrojenie i ustawiono je w okopach. Działo kal. 75 mm ustawiono przy wejściu do portu, natomiast karabiny maszynowe kal. 7,92 mm wzmocniły obronę przeciwlotniczą portu. Załoga „Czapli” została zakwaterowana w pensjonatach znajdujących się w pobliżu portu i brała udział w obronie przeciwlotniczej portu. Okręt nie brał udziału w dalszych działaniach dywizjonu. 14 września o godz. 7:29 niemieckie bombowce Ju 87B z 4. eskadry 186. Dywizjonu Lotnictwa Pokładowego (4.(St)/186(T)), które miały operować z lotniskowca „Graf Zeppelin” , przeprowadziły pierwszy w tym dniu nalot na Jastarnię. W jego wyniku zatonęły okręt hydrograficzny ORP „Pomorzanin” oraz ORP „Czapla”. Według innej wersji, „Czapla” została zbombardowana podczas drugiego nalotu po godz. 10 podaje informacje o drugim nalocie, ale cytuje też alternatywną wersję, że została uszkodzona już podczas pierwszego nalotu, a nie wyróżnia w ogóle drugiego nalotu.. Jedna z bomb SC 250 eksplodowała blisko dziobu, a druga SC 50 wybuchła na rufie. Bomby wyrwały dziurę w burcie, po czym okręt zaczął się przełamywać i wkrótce zatonąłWedług , „Czapla” została ogarnięta pożarem i następnie zatonęła – jednakże według i pożar wybuchł na ORP „Jaskółka”.. Podczas nalotów tego dnia zatonął także trałowiec ORP „Jaskółka” i holownik „Lech”.