1 września 1939 roku, okręt znajdował się w porcie wojennym na Oksywiu. O godzinie 5.20 rano nad port nadleciały trzy niemieckie wodnosamoloty typu He 60 z 1.(M)/506. Nie zostały zidentyfikowane od razu, na co wpływ miała gęsta mgła, jaka panowała tego ranka. Po otrzymaniu rozkazu obsługi dział i karabinów przeciwlotniczych otworzyły nieskuteczny ogień, gdyż nieprzyjacielskie maszyny znalazły się poza ich zasięgiem. Trałowiec wraz z pozostałymi jednostkami dywizjonu wyszedł na redę. Około godz. 14.00 wziął udział w odpieraniu niemieckiego nalotu na Gdynię. O godz. 15:00 na pokładzie ORP „Wicher” odbyła się narada przed planowaną operacją minową o kryptonimie „Rurka”. Zgodnie z jego założeniami, z 1 na 2 września stawiacz min „Gryf” miał postawić zagrodę minową na linii Hel – Sopot, a trałowce miały o godz. 22:00 zająć sektory ubezpieczające. W tym celu „Czapla”, wraz z pozostałymi minowcami, dwiema kanonierkami, niszczycielem ORP „Wicher” i stawiaczem min ORP „Gryf” udała się w rejon portu helskiego.