W drugiej połowie lat 90. Gazeta Pomorska utrwaliła swoją pozycję na rynku prasowym jako dziennik regionalny Kujaw i Pomorza, jeden z najpopularniejszych i najbardziej dochodowych dzienników regionalnych w Polsce. Od 2000 r. połowę nakładu sprzedawano w prenumeracie na terenie całego województwa kujawsko-pomorskiego i fragmentach województw ościennych (powiat chojnicki, nowomiejski, wyrzyski).
W 2003 r. redakcja została wyróżniona statuetką „Dobosz Powstania Wielkopolskiego”, przyznawaną przez Zarząd Główny Towarzystwa Pamięci Powstania Wielkopolskiego 1918/1919.
W 2007 r. gazeta posiadała centralę w Bydgoszczy i 16 oddziałów powiatowych, a codzienny nakład sięgał 100 tys. egzemplarzy. Każdego roku redakcja patronowała kilkudziesięciu imprezom kulturalnym i sportowym oraz organizowała wiele konkursów i plebiscytów, m.in. na „Najlepszego Sportowca Kujaw i Pomorza” oraz ranking najlepszych firm w regionie „Złota setka Kujaw i Pomorza”.
Rozwój Internetu sprawił, że równorzędną pozycję do formy papierowej ma portal internetowy Gazety Pomorskiej.
W 2013 należący do spółki Media Regionalne tytuł został przejęty przez spółkę Polskapresse.