26 lutego po raz pierwszy wyszedł w wyjściowym składzie w zremisowanym 1–1 spotkaniu z Southampton, jednak został wyrzucony z boiska po tym jak sfaulował lewego obrońcę przeciwników Graemea Le Sauxa, zaś rozwścieczony Wenger publicznie skrytykował postępowanie zawodnika. W konsekwencji van Persie wiele następnych spotkań (począwszy od spotkania Pucharu Anglii z Sheffield United) spędził przesiadując na ławce rezerwowych, i powrócił do składu dopiero po tym, gdy kontuzji łydki doznał Henry. Powrót udał mu się wyśmienicie, gdyż w półfinale Pucharu Anglii Arsenal pokonał Blackburn Rovers, zaś on zdobył dwa gole. Van Persie resztę sezonu spędził na leczeniu kontuzji i zakończył go z bilansem 10 goli w 41 spotkaniach we wszystkich rozgrywkach.
Dzięki dobrej formie strzeleckiej i ośmiu zdobytym golom van Persie otrzymał nagrodę Zawodnika miesiąca listopada 2005, zaś 4 stycznia podpisał nowy, pięcioletni kontrakt wygasający w 2010 roku. Jednak dwa dni po parafowaniu nowej umowy van Persie ponownie doznał urazu, tym razem w spotkaniu Pucharu Anglii przeciwko Cardiff doznał złamania palca u stopy po tym jak nadepnął mu na niego jeden z rywali. Van Persie następne trzy mecze rozegrał z wyciętym otworem w bucie, co miało złagodzić ból. Dopiero 1 lutego w spotkaniu z West Hamem Wenger zdecydował się nie włączać go do kadry.