Zaletami badań cytopatologicznych (w porównaniu z badaniami histopatologicznymi) są: mała inwazyjność badania i możliwość ich powtarzania niewielkie koszty materiałowe szybkość badania prostota procedur laboratoryjnych (zwłaszcza pominięcie etapu bloczka parafinowego, podczas którego niszczone są niektóre substancje zawarte w komórkach np. tłuszcze, glikogen, niektóre białka, co czyni możliwe je do uwidocznienia drogą specjalnych barwień) dobre uwidocznienie szczegółów komórkowych
Wadami badań cytopatologicznych (w porównaniu z histopatologicznymi) są: niemożność oceny topografii tkankowej (wzajemnego położenia komórek, włókien, naczyń, etc) trudności w ocenie ilościowej obrazu mikroskopowego, czasochłonność przy ocenie preparatów cytopatologicznych, wymagająca dużej skrupulatności, wnikliwości i spostrzegawczości od oceniającego (powoduje mniejszą wydajność oceniających wynikającą m.in. ze znużenia i zmęczenia wzroku) mała liczba wykwalifikowanych specjalistów umiejących wiarygodnie oceniać niektóre typy preparatów (konieczność posiadania dużego doświadczenia przez cytopatologa przy ocenie niektórych materiałów), mniejsza objętość próbki (nie zawsze).