W tym czasie Niemcy przeprowadzili eksterminację żydowskiej ludności miasta. 2 kwietnia 1942 r. Żydów uwięziono w getcie liczącym, według Żydowskiego Instytutu Historycznego, 12 tysięcy mieszkańców. Getto likwidowano etapami; największe egzekucje miały miejsce 27 maja 1942 (3,8 tys. ofiar), 5 października 1942 (3 tys. ofiar) i 24 października 1942 (ok. 1 tys. ofiar). Zbrodni dokonywało Sicherheitsdienst z Równego przy udziale niemieckiej żandarmerii i ukraińskiej policjiХолокост на территории СССР: Энциклопедия, Moskwa 2009, s.283.
W 1943 roku do Dubna ewakuowali się polscy uchodźcy z rzezi wołyńskiej. Część z nich z braku utrzymania oraz pod wpływem zarządzeń niemieckich zgłosiła się na roboty przymusowe w III Rzeszy. Od kwietnia 1943 miasta bronił przed UPA 50–100 osobowy posterunek polskiej policji oraz tolerowana przez Niemców samoobrona. 28 lutego 1944 Niemcy ewakuowali polskich mieszkańców Dubna do Brodów, a stamtąd wywieźli do Rzeszy na roboty.