Rozgniewany tym pomysłem Izanagi powiedział synowi, by odszedł, dokąd chce, i zakazał mu mieszkać na swoich ziemiach.
W jednej z wersji mitu Susanoo dotarł do krainy, w której przebywała jego matka, i zajął miejsce przy jej boku. Ślady tego wierzenia zachowały się w regionie Kumano – w Hongū Taisha w miejscowości Tanabe (prefektura Wakayama) bóg jest czczony w jednym pawilonie świątynnym razem z Izanami, a oba bóstwa przejawiają w tym miejscu swoją łagodną naturę, obdarzając łaskami wyznawców.
W Kojiki Susanoo został przedstawiony jako nieposłuszny syn, którego zachowanie zachwiało równowagę we wszechświecie. Jednak niektórzy badacze podkreślają, że potomek prabogów miał powody, aby przeciwstawić się ojcu.
Konflikt z Amaterasu Siostrą porywczego boga wiatru i burzy była zrównoważona i spokojna Amaterasu. Pewnego dnia Susanoo postanowił zawiadomić siostrę o swojej decyzji udania się do Krainy Ciemności i wyruszył w podróż, lecz jego gwałtowne kroki spowodowały, że zatrzęsła się ziemia, a woda w rzekach zaczęła falować.