Na zachodniej stronie zbocza górnej części wąwozu znajduje się jedyne na całej Wyżynie Krakowsko-Częstochowskiej stanowisko krzaczastej brzozy Szafera. Na wschodnich (orograficznie lewych) zboczach w dolnej części doliny znaleziono w 1952 r. drugie na Wyżynie Krakowsko-Częstochowskiej (po osadzie Hamernia w Dolinie Prądnika) miejsce występowania brzozy ojcowskiej. W 1985 r. w kilku skupiskach doliczono się tu 116 osobników tego taksonu.
Wspinaczka skalna Dolina Kobylańska jest jednym z głównych terenów wspinaczki skalnej na Wyżynie Krakowsko-Częstochowskiej. Skały wspinaczkowe znajdują się na obydwu jej zboczach, górując nad ścieżką szlaku turystycznego wiodącą dnem doliny. Wspinacze skalni podzielili je na wiele grup: Grupa Dwoistej Turni: Bodzio, Cycówka, Czarna Ścianka, Dwoista Turnia, Piersiówka, Postrzępiona Turnia, Turnia z Krzyżem, Rozwalista Turnia; Grupa Kuli: Kula; Grupa nad Źródełkiem: Asteriks, Bliźnięta, Brzuchata Turniczka, Chorobliwa Grań, Cyrk, Dziurawa Turnia, Jastrzębia Turnia, Lotniki, Obelisk, Omszała Turnia, Pochyła Grań, Podcięta Turnia, Sękata Grzęda, Sępia Baszta, Słoneczna Turnia, Szeroka Turnia, Szeroki Mur; Grupa Okrętu: Okręt, Ściana naprzeciw Okrętu, Żabka; Grupa Przydrożnych Skał: Ponad Gnój Turnia, 3 Przydrożne Skały; Grupa Płetwy: Krucha Turnia, Płetwa, Tarasowata Turnia, Turnia