Jakość wody Pod koniec XX wieku wody jeziora miały następujące parametry średnioroczne: jony amonowe od poziomu poniżej granicy oznaczalności (< 0,010 mg/l) w latach 1999–2001 do 0,0366 mg/l (1991), chlorofil a od 4,42 µg/l (1993) do 10,09 µg/l (1990), przewodnictwo elektrolityczne właściwe od 3122 µS/cm (1988) do 3649 µS/cm (1997), tlen rozpuszczony od 9,58 mg/l (1984) do 11,42 (1986), azotany od 0,83 mg/l (1985) do 1,15 mg/l (1994), ortofosforany od poniżej granicy oznaczalności (1999–2001) do 0,00453 mg/l (1986), odczyn pH od 8,08 (1984) do 8,45 (1985), widzialność krążka Secchiego od 3,32 m (1986) do 5,21 m (1991), fosfor całkowity od 0,00815 mg/l (1998) do 0,02626 mg/l (1986).
W planie gospodarowania wodami na obszarze dorzecza Dunaju na lata 2016-2021 podano, że stan ekologiczny wód jeziora był dobry. Taki sam był stan jego składowych elementów jakości: fitoplanktonu, makrofitów z fitobentosem i ichtiofauny. Stan chemiczny wód był zły.
W 2018 na Ammersee funkcjonowało 8 kąpielisk wyznaczonych zgodnie z przepisami dyrektywy kąpieliskowej. Jakość wód wszystkich sklasyfikowano wówczas jako doskonały. W 2008 jedno z nich miało jakość wody niedostateczną.