13 lipca 1769 roku „Endeavour” odpłynął z Tahiti. Do załogi dołączył Tupaia, wysoki kapłan opisywany przez Cooka jako bardzo inteligentny człowiek, znający okoliczne morza. Tupaia zabrał ze sobą służącego, chłopca o imieniu Taiata.

Nowa Zelandia thumb|Mapa Nowej Zelandii sporządzona przez Cooka 15 lipca „Endeavour” dotarł na Huahine, a 20 lipca do Raiatei. Po wylądowaniu na Raiatei Cook wciągnął angielską flagę i wziął w posiadanie Raiateę i okoliczne wyspy. Okoliczny archipelag Cook nazwał Wyspami Towarzystwa ze względu na bardzo bliskie położenie wyspHistorycy żyjący w XIX wieku błędnie zakładali, że tą nazwą Cook chciał uczcić Towarzystwo Królewskie sponsorujące wyprawę.. Z Raiatei Cook skierował się na Bora-Bora (26 lipca), jednak nie udało mu się wylądować na wyspie.

8 października 1769 roku załoga Cooka dopłynęła do Wyspy Północnej Nowej Zelandii. Wyspę jako pierwszy dostrzegł dzień wcześniej dwunastoletni członek załogi Nick Young. Kilka dni po dostrzeżeniu brzegu „Endeavour” rzucił kotwicę przy Poverty Bay (Zatoce Ubóstwa). Po wyjściu na brzeg załoga trafiła na grupę Maorysów tańczących haka (taniec wojenny). Spotkanie z Maorysami zakończyło się pojedynkiem.