Eksperyment imitował lądowanie na Księżycu. Zmieniło to prędkość lotu całego zespołu, więc po powrocie do kabiny Apollo astronauta włączył na 41. sekund silnik członu serwisowego, aby przywrócić poprzednią prędkość lotu. W wyniku tych operacji zestaw zaczął poruszać się po orbicie prawie kołowej na wysokości 213 km. 6 marca 1969 roku McDivitt oraz Schweickart jeszcze raz przeszli do kabiny LM i ponownie przeprowadzili kontrolę urządzeń. Mniej więcej po dwóch godzinach kabina lądownika została rozhermetyzowana, po czym Schweickart wyszedł na znajdującą się na zewnątrz kabiny platformę, co naśladowało wyjście na powierzchnię Księżyca. W tym czasie Scott rozhermetyzował kabinę Apollo i otworzył właz, po czym zajął się fotografowaniem otoczenia i Schweickarta pracującego na zewnątrz lądownika księżycowego. W następnym dniu lotu – wykonano najważniejszy eksperyment. Astronauci jeszcze raz przeszli do lądownika i po kilkugodzinnej kontroli odłączyli się od Apollo 9 o godzinie 12:33. Następnie, uruchomiwszy silnik hamujący i silniki orientacyjno-korekcyjne, oddalili się na odległość 190 km, co naśladowało opuszczanie się ku Księżycowi. Po zrealizowaniu tego manewru odłączony został człon lądujący i rozpoczął się powrót kabiny statku wyprawowego do Apollo 9. Naśladowało to manewr spotkania w czasie lotu wokółksiężycowego.