Wodowanie modułu dowodzenia z astronautami odbyło się na Oceanie Atlantyckim 13 marca 1969 o godzinie 17:00:54 UTC. Załogę oraz kapsułę Apollo 9 ewakuowano na pokład okrętu ratowniczego USS Guadalcanal. Powrót nastąpił z pewnym opóźnieniem w stosunku do planowanego wywołanym złą pogodą w wybranym rejonie wodowania, w związku z czym konieczne stało się wodowanie w miejscu zapasowym.
Człon zniżania modułu księżycowego (numer COSPAR 1969-018D) spłonął w atmosferze ziemskiej 22 marca 1969 roku. Człon wznoszenia (numer COSPAR 1969-018C) spłonął w atmosferze ziemskiej dopiero 23 października 1981 roku.
Pomyślny przebieg misji Apollo 9 skłonił autorów programu Apollo do rozpatrzenia możliwości zrealizowania lądowania na Księżycu w zaplanowanym na maj 1969 roku locie statku Apollo 10. Ostatecznie jednak nie odważono się na to i zgodnie z wcześniejszymi ustaleniami, nadano misji Apollo 10 charakter jeszcze jednej – generalnej próby przed wyprawą na Księżyc.
Spacer kosmiczny źródło EVA-1 – (Schweickart i Scott) – 6 marca 1969 – 1 godzina, 8 minut i 1 sekunda.