Życiorys thumb|upright|Nouvelles études et expériences sur les glaciers actuels, 1847 Urodził się jako Jean Louis Rodolphe Agassiz w miejscowości Môtier we francuskojęzycznym kantonie Neuchâtel, jako syn Rodolphe Agassiza, pastora protestanckiego i Rose Mayor. Edukację rozpoczął w szkołach elementarnych w Biel i Lozannie. Louis wcześnie odrzucił presję rodziny, aby zostać biznesmenem i planował poświęcić się profesjonalnemu badaniu przyrody. Następnie studiował medycynę na uniwersytetach w Zurychu, Heidelbergu i Monachium. Przepowiedział, że w wieku 21 lat stanie się pierwszym przyrodnikiem swoich czasów, dobrym obywatelem i dobrym synem… Czuję w sobie siłę całego pokolenia do pracy w tym celu. W 1829 r. otrzymał tytuł doktora filozofii uniwersytetu w Erlangen, w 1830 r. doktora medycyny na uniwersytecie w Monachium. Od 1846 r. przebywał w USA, gdzie wyjechał dzięki jednorazowemu stypendium króla pruskiego;