W ciągu trzech sezonów w Portugalii, Saviola zdobył 39 goli we wszystkich rozgrywkach.
W styczniu 2012 roku przedłużył swój kontrakt z As Águias do 30 czerwca 2013, jednak już pół roku później rozwiązał umowę i wrócił do Hiszpanii, podpisując roczny kontrakt z Málagą CF.
W lipcu 2013 roku przeszedł na zasadzie wolnego transferu do greckiego klubu Olympiakos SFP.
Latem 2014 został zawodnikiem Hellas Werona. We Włoszech grał tylko przez jeden sezon, zdobywając zaledwie dwa gole i nie pomagając drużynie w uniknięciu degradacji z Serie A.
W 2015 roku wrócił do swojego macierzystego River Plate, gdzie jednak przez pół roku pobytu ani razu nie udało mu się wpisać na listę strzelców. W styczniu 2016 roku w wieku 35 lat postanowił zakończyć karierę.
Reprezentacja W 2004 roku Javier pojechał wraz z reprezentacją Argentyny do Peru, gdzie odbywał się turniej Copa América 2004, na których Argentyna zajęła 2. miejsce. Saviola strzelił 3 gole, wszystkie w meczu fazy grupowej z Ekwadorem.
W tym samym roku wystąpił też na igrzyskach olimpijskich w Atenach. Strzelił jedną bramkę i wywalczył wraz z kolegami z drużyny złoty medal olimpijski po finale z Paragwajem.