Dzięki stałej roszadzie zarządców kościoła, stare, zabytkowe piwnice odeszły w zapomnienie.
Podziemia zostały na nowo odkryte dzięki rekonstrukcji budynku po II wojnie światowej. Podczas prac rekonstrukcyjnych odkopano górne partie piwnic i przeprowadzono konserwację, zaś dolne części czekają nieodkopane na kontynuację prac. W zachowanych kryptach ulokowano ocalałe epitafia lub ich fragmenty wydobyte podczas wykopalisk spod gruzów kościoła, a także pamiątki z powstania warszawskiego oraz popiersia Piotra Skargi i Macieja Kazimierza Sarbiewskiego – pozostałości epitafiów istniejących w kościele do 1944.