W 1773, po kasacie zakonu, świątynia ta stała się kościołem szkolnym podległym Komisji Edukacji Narodowej. Kościół przez krótki czas należał też do Bractwa Niemieckiego pod wezwaniem Świętego Brunona. Krótko mieściła się tam również siedziba paulinów. W 1818 kościół przeżył kryzys i był traktowany jako magazyn katedralny, a w 1828 roku przechowywano w nim wełnę. Świątynia powróciła do pełnienia swej pierwotnej funkcji dopiero w 1834 roku dzięki zakonowi pijarów. Usunięci przez zaborcę ze swojej poprzedniej siedziby zakonnicy przenieśli do kościoła na Świętojańskiej cały swój dobytek, włącznie z pomnikami. Zakonnicy ci przynieśli do swej nowej siedziby rzeźbę niedźwiedzia, którą do dziś można podziwiać przy wejściu do świątyni. W 1864 roku, gdy zakon pijarów został zlikwidowany, kościół począł pełnić funkcje pomocnicze wobec sąsiadującej katedry. Kościół dopiero w 1918 roku powrócił we władanie jezuitów, jednak już w 1944 roku świątynia została prawie doszczętnie zniszczona na skutek podpalenia i wysadzenia w powietrze. Kościół Matki Boskiej Łaskawej pozostał pod opieką zakonu jezuitów.
W 1965 roku świątynia została wpisana do rejestru zabytków.