Wystąpił w wideoklipie do singla Eminema „Phenomenal” (2015).
W 2014 fotograf Sandro Miller namówił Malkovicha do odtworzenia najbardziej znanych portretów w historii fotografii takich jak Marilyn Monroe, Alfred Hitchcock, Albert Einstein, John Lennon, Simone de Beauvoir, Che Guevara, Bette Davis, Andy Warhol, Salvador Dalí, Dorothea Lange, Pablo Picasso, Ernest Hemingway czy Jack Nicholson. Ponad 30 zdjęć stało się częścią wystawy „Malkovich, Malkovich, Malkovich: Homage To Photographic Masters”, która była wystawiana w różnych zakątkach świata. Ekspozycja trafiła też do warszawskiej Leica Gallery (22 kwietnia do 12 czerwca 2016).
W 2017 roku pojawił się w żartobliwych reklamach Super Bowl, portretując siebie samego próbującego przejąć kontrolę nad domeną johnmalkovich.com.
Życie prywatne 2 sierpnia 1982 poślubił aktorkę Glenne Headly. Jednak 1 stycznia 1988 rozwiedli się po tym, jak Malkovich związał się z Michelle Pfeiffer na planie Niebezpiecznych związków. 20 września 1989 ożenił się po raz drugi z Włoszką Nicolettą Peyran, z którą ma dwoje dzieci – córkę Amandine (ur. 1990) i syna Loewy (ur. 1992).
W 2008 założył winnicę na swojej farmie. Pierwsze wino wyprodukował w 2011. Na czterech hektarach hodują szczepy pinot noir i cabernet sauvignon.