Na królewskim dworze pełnił kolejno funkcję sekretarza i podkanclerzego, a po śmierci Tomasza Zamoyskiego, w 1638 roku objął na dworze króla Władysława IV urząd kanclerza wielkiego koronnego. Od tego czasu miał duży wpływ na politykę zagraniczną państwa, prezentując postawę prohabsburską i antybrandenburską. Z polecenia króla posłował do Rzymu i Wiednia. Uczestniczył z w rokowaniach z elektorem brandenburskim Jerzym Wilhelmem w 1639 roku w Grodnie i Szczytnie.
Po śmierci biskupa Jakuba Zadzika w 1642 został powołany na stanowisko biskupa krakowskiego, co przyjął z zadowoleniem po problemach jakie czynił mu na dworze królewskim Jerzy Ossoliński. Uroczysty ingres do katedry wawelskiej odbył 3 maja 1643, w tym samym roku zwołał synod diecezjalny. Po 1643 roku wyremontował i rozbudował pałac biskupi w Krakowie, co potwierdzają wzmianki i liczne herby Nałęcz. Z jego polecenia opracowano statuty dla kapituły krakowskiej. Od duchowieństwa wymagał bezwzględnego posłuszeństwa. Dla ubogich, mających problemy finansowe księży, tworzył specjalne kasy pomocy.