Wkrótce Kołczak zdecydował powrócić do Rosji i w listopadzie 1917 dostał się do Jokohamy w Japonii, gdzie dowiedział się o rewolucji październikowej w Rosji. Chcąc dalej walczyć przeciwko Niemcom, usiłował dostać się do rosyjskich oddziałów po stronie brytyjskiej w Mezopotamii, ale ostatecznie powierzono mu organizację sił rosyjskich, ochraniających Kolej Wschodniochińską (KWŻD) przed zapędami Chińczyków. W kwietniu 1918 przybył do Harbinu (samą koleją zarządzał gen. Dimitrij Chorwat, który ogłosił się tymczasowym wielkorządcą Rosji). Po kilku miesiącach jednak, zniechęcony konfliktami, Kołczak wyjechał do Japonii na leczenie. W październiku 1918 przybył do Omska i 4 listopada został wyznaczony na ministra wojny i marynarki w antybolszewickim rządzie koalicyjnym (Ogólnorosyjski Rząd Tymczasowy, zwany też Rządem Syberyjskim lub Dyrektoriatem) z siedzibą w Omsku.