Nad zakładaniem nowych obiektów przemysłowych czuwał kielecki żupnik. Olbornik i ważnik zajmowali się ściąganiem opłat. Obok właścicieli kopalń olborę, czyli dziesięcinę w wydobytej rudzie płaciła również szlachta i bogacący się mieszczanie, którzy dzierżawili tereny górnicze.
thumb|upright|Andrzej Stanisław Załuski Najazd szwedzki i wojny domowe w Polsce doprowadziły do zahamowania okresu prosperity. W czasie „potopu” szwedzkiego miasto doszczętnie spłonęło, w dodatku w 1655 r. przeszły tędy wojska Karola Gustawa niszcząc okoliczne fabryki i ściągając od mieszkańców ogromną kontrybucję. W tym samym czasie w okolicy wybuchło szereg epidemii, których rozprzestrzenianiu sprzyjała panująca wokół wojna. Od października 1662 r. do maja 1663 miasto okupowały oddziały wojska koronnego (ok. 12 tys. żołnierzy) dowodzone przez Jana Samuela Świderskiego, skonfederowane pod nazwą „Związek Święcony”. 30 czerwca 1702 r. Kielce zajął król szwedzki, Karol XII idący przeciwko Augustowi II, kwaterując do 9 lipca w pałacu biskupów. Kilka lat później miasto ucierpiało podczas wojny domowej między zwolennikami Augusta II i Stanisława Leszczyńskiego. Działania wojenne trwały do 1711 r. Usuwanie zniszczeń okazało się dużym wyzwaniem – z wielkich pożarów ocalały jedynie pałac, katedra i klasztor na wzgórzu Karczówka.