Ugoda, zaprzysiężona przez radę kozacką, nie została – wbrew oczekiwaniom – zaprzysiężona przez cara Aleksego – z uzasadnieniem, że jest to sprzeczne z jego statusem prawnym jako samodzierżcy, który nie składa przysiąg poddanym.
Wobec postanowień ugody złożył oficjalny protest prawosławny metropolita Kijowa Sylwester Kossów, który będąc podporządkowanym bezpośrednio patriarsze Konstantynopola nie chciał uznać nadrzędności patriarchatu moskiewskiego, odmówił złożenia przysięgi poddańczej carowi Rosji. Prawosławna metropolia kijowska została ostatecznie podporządkowana patriarchatowi moskiewskiemu w 1686 r., po traktacie Grzymułtowskiego.
Ugoda perejasławska była podstawą dla Aleksego I do rozpoczęcia wojny przeciwko Rzeczypospolitej Obojga Narodów w 1654 r. Wynikało to z faktu, że jeden z punktów ugody przewidywał wprowadzenie garnizonu wojsk rosyjskich do Kijowa – a więc na terytorium Korony (co zostało bezzwłocznie przez Moskwę wykonane – stolicą hetmanatu był od 1654 r. Czehryń). Wojna Rosji z Rzecząpospolitą trwała z przerwami (rozejm w Niemieży w 1656 r.) do zawarcia w 1667 r.