Był również członkiem organizowanej przez Andrzeja Olechowskiego rady programowej Platformy Obywatelskiej.
W okresie rządów PiS wypowiadał się krytycznie wobec działalności ministra sprawiedliwości Zbigniewa Ziobry.
Znalazł się wśród sygnatariuszy Ruchu na Rzecz Demokracji, wszedł także w skład komitetu honorowego Platformy Obywatelskiej w przedterminowych wyborach parlamentarnych w 2007. Od 16 listopada tegoż roku był ministrem sprawiedliwości i prokuratorem generalnym w pierwszym rządzie Donalda Tuska. 20 stycznia 2009 podał się do dymisji, która została przyjęta. Decyzję tę motywował odpowiedzialnością polityczną w związku z samobójstwem Roberta Pazika, skazanego za współudział w porwaniu i zabójstwie Krzysztofa Olewnika. Dzień po złożeniu rezygnacji został odwołany.
W 2015 był członkiem honorowego komitetu poparcia Bronisława Komorowskiego przed wyborami prezydenckimi w Polsce w 2015. W 2026 został powołany w skład rady nadzorczej KGHM Polska Miedź.
Życie prywatne Żonaty z Marią, ma córkę Bogumiłę. [dostęp 2014-08-01]. i syna Piotra. Zamieszkał w Krakowie. W 2004 Zbigniew Ćwiąkalski zagrał egzaminatora głównego bohatera w komedii Juliusza Machulskiego Vinci. [dostęp 2010-10-24]..